CentOS5.6でremiレポジトリを使っている場合、
yum install -y mysql
としてしまうと、mysqlが5.0系(base/update由来)と5.5系(remi由来)の両方が入ってしまうことがあります。
こうなるとphp-mysqlなどのバージョンが混乱して正常に作動しなくなるようでして。
yum install mysql
として、インストール候補一覧が出てy/N選択待ちになったところで、インストールしようとしているバージョンをメモっておきます。
[N]で終了させて、
yum install -y mysql-5.5.15
というようにまずmysqlだけインストールします。
その後、
yum install -y php-mysql （その他もろもろ）
とすると、意図したバージョンに揃ってくれます。
もう複数バージョンでインストールされてしまっている、という場合は、
yum remove mysql
としていったん消してからやり直すことになります。