EC2に限ったことではありませんが、XenではゲストOS（Domain-U）の時刻がホストOS（Domain-0）によって管理されるのがデフォルトのようです。
明らかに時計がズレたゲストOS上でも時刻修正が反映されない
（ホストOSの時計によってさらに訂正されてしまう）ので、
dateコマンドなどでも時刻が修正されません。
ということで、時計合わせは次の２つの手順で行ないます。
１）ゲストOSの時計をホストOSから独立させる
２）ntpサーバにより外部の時計を参照する
１）
echo ’1′> /proc/sys/xen/independent_wallclock
として時計を（ホストOSから）独立させます。
また、再起動後のために/etc/sysctl.confに
xen.independent_wallclock = 1
と追加しておきます。
２）
物理サーバを使用しているとそれほど大幅に時計がズレることはあまり経験しませんが、
仮想サーバでは、時計がズレやすい傾向があるようなので、
時計を切り離した後は、必ずntpdを設定しておきます。
yum install -y ntp
ntpdate -b -u ntp.nict.jp
/etc/init.d/ntpd start
/sbin/chkconfig ntpd on
（/etc/ntpd.confの設定内容については割愛）
同期の状況は
ntpq -p
でチェックします。
参考：
https://forums.aws.amazon.com/thread.jspa?threadID=67855
「ゲストOSではntpを使わなくていいと思っていたがTokyo Regionで5分以上ずれ…」
という質問（Tokyo Regionとそれ以外で違いがあるのか？）には答えられておらず、
個人的にはそこがかなり気になるのですが、結果的には「ずれてたらゲストOSでntp使ってください」ということになっているようです。