KohanaのDB接続がメモリリークしてるんじゃないか？と思った時には

bootstrap.php の Kohana::init(); をご覧ください。

“profile” が記載されていなければ、TRUEになっているので、DBにクエリ発行する度、メモリ上にプロファイリング情報が蓄積されています。